Comscore Tracker

Terungkap! Fakta Sejarah Virus Corona Pertama Kali Masuk ke Indonesia

Peneliti LBM Eijkman ungkap 3 sampel virus dari Tiongkok

Jakarta, IDN Times - Lembaga Biologi Molekuler (LBM) Eijkman akhirnya sukses memetakan genom tiga isolat virus, yang berasal dari tiga pasien terkonfirmasi positif COVID-19 di Indonesia. Tiga genom tersebut salah satunya pasien positif kasus 1 (pertama) yang ditemukan awal Maret 2020.

LBM Eijkman telah mengirimnya ke portal data genetik virus GISAID. Ini menjadi langkah awal pembuatan antivirus COVID-19 di Indonesia.

Dari penemuan itu, LBM Eijkman menelusuri asal muasal dan jejak perjalanan virus corona sebelum menyerang Indonesia. Terkuak, tiga sampel virus diketahui berasal dari Tiongkok.

Lalu bagaimana kisah perjalanan tiga virus tersebut hingga akhirnya masuk ke Tanah Air?

1. Sebuah cuplikan studi Nexstrain beberkan asal muasal tiga virus COVID-19

Terungkap! Fakta Sejarah Virus Corona Pertama Kali Masuk ke IndonesiaIlustrasi rapid test COVID-19 (ANTARA FOTO/Jojon)

Peneliti postdoctoral LBM Eijkman di bidang evolusi dan genetika populasi, 
Pradiptajati Kusuma, menulis secara rinci perjalanan tiga virus COVID-19 di akun Facebook-nya pada Selasa (5/5) pukul 09.54 WIB.

"Jadi 3 sampel virus di Indonesia berasal dari mana? Sebuah cuplikan studi Nexstrain," dia mengawali tulisannya.

2. Eijkman mensubmit 3 sekuens full genome dari virus SARS-COV-2 pada pasien Indonesia

Terungkap! Fakta Sejarah Virus Corona Pertama Kali Masuk ke IndonesiaSuasana RS Darurat COVID-19 di Kemayoran (Youtube/Sekretariat Presiden)

Pradiptajati mengatakan, saat ini LBM Eijkman telah men-submit 3 sekuens full genome dari virus SARS-COV-2 pada pasien Indonesia, dengan ID: EIJK2444; EIJK0141; dan EIJK0317, ke portal GISAID.

Menurutnya, data sekarang sudah available dan bisa diakses siapa saja, asal sudah mendaftar di GISAID. Dengan demikian, mudah saja 3 sampel tersebut berasal dari mana transmisinya, jika sekuens Indonesia sudah di tangan, dan belasan ribu sekuens pembanding lainnya juga tersedia.

"Tapi karena saya malas men-download semuanya itu, jadi saya memfilter analisis global dari Institusi/Organisasi lain untuk melihat asal-muasal sampel Indonesia. Organisasi tersebut bernama Nextstrain (https://nextstrain.org) yang sudah sangat baik mengkurasi data dari GISAID, menganalisis, dan memvisualisasikannya. Kudos to Nexstrain!" ungkapnya.

Baca Juga: 1.500 Warga Jateng Hadiri Ijtima Gowa, 16 Positif COVID-19 di Brebes

3. Tiga sampel virus COVID-19 semua dari Tiongkok, Indonesia masuk salah satu grup

Terungkap! Fakta Sejarah Virus Corona Pertama Kali Masuk ke IndonesiaGoogle

Dia mengungkapkan, dari 3 sampel tersebut, secara evolusi semua transmisinya berasal dari Tiongkok, sama seperti manusia modern yang berasal dari Afrika.

Virus dari Tiongkok itu kemudian bermigrasi dan berevolusi sepanjang migrasinya, sepanjang lompatan dari satu host ke host lainnya. Sama seperti manusia terus berevolusi. Tapi bedanya, virus berevolusi jauh lebih cepat dibanding manusia.

"Menariknya ada 2 grup (clade) besar, yakni grup Asia dan Eropa, yang berevolusi secara paralel di kedua grup tersebut. Grup tersebut ditandai oleh diferensiasi mutasi asam amino pada protein ORF1B (open reading frame) pada posisi asam amino 314, juga pada protein S (spike) pada posisi asam amino 614," papar Pradiptajati. 

Sementara ketiga sampel Indonesia berada di grup Asia. Menariknya, protein S terdiferensiasi secara regional.

"Pasti ada fungsi yang berpengaruh. Tapi saya lihat gen ACE2 di dunia kok ga berbeda ya. Ini untuk diteliti lebih jauh oleh virolog Indonesia. Anyway, namun sekali lagi, semua berasal dari China ya," tegas dia.

4. Perjalanan 3 sampel virus hingga akhirnya tiba di Indonesia

Terungkap! Fakta Sejarah Virus Corona Pertama Kali Masuk ke IndonesiaIlustrasi rapid test yang merupakan salah satu alat yang dibutuhkan di tengah pandemik COVID-19. IDN Times/Nofika Dian Nugroho)

Pradiptajati membeberkan, meski 3 sampel virus tersebut berasal dari Tiongkok tapi kisah perjalanannya berbeda-beda.

Sampel virus EIJK2444 berasal dari Jepang. Awalnya berjalan dari Tiongkok, menuju Australia, dan Jepang, dan akhirnya ke Indonesia.

Pada akhirnya, virus ID EIJK2444 memiliki mutasi asam amino pada protein S posisi 76, dari Threonine menjadi Isoleucine.

Sedangkan sampel virus EIJK0317 berasal dari Uni Emirat Arab. Awalnya berjalan dari Tiongkok menuju Inggris, kemudian Amerika Serikat, Uni Emirat Arab, dan berakhir di Indonesia. Pada akhirnya, virus ID EIJK0317 memiliki mutasi asam amino pada protein ORF1a posisi 461 dari Isoleucine menjadi Valine.

Kemudian sampel virus EIJK0141 berasal dari Amerika Serikat. Awalnya berjalan dari Tiongkok, menuju Inggris, kemudian Amerika Serikat, dan berakhir di Indonesia. Pada akhirnya virus ID EIJK0141 memiliki mutasi asam amino pada protein ORF1a posisi 2103 dari Serine menjadi Phenilalanine.

5. Tiga virus di Indonesia hanya bermutasi di transmisi lokal

Terungkap! Fakta Sejarah Virus Corona Pertama Kali Masuk ke IndonesiaBangunan baru di RSUD Dolopo, Kabupaten Madiun yang disiapkan untuk ruang isolasi ODP dan PDP virus Corona. (IDN Times/Nofika Dian Nugroho)

Menariknya, kata Pradiptajati, ketiga virus di Indonesia tersebut tidak (atau belum?) menjadi source bagi mutasi virus lainnya di negara lain. Setelahnya hanya terjadi pada transmisi lokal. Selanjutnya akan dilihat pada sekuens-sekuens baru dari sampel Indonesia.

Selain itu, semua mutasi kunci virus di Indonesia ini bersifat non-synonymous. Perlu dipelajari bagaimana mutasi ini berakibat pada struktur protein virus tersebut dan fungsinya.

"Apakah mengubah fungsi atau tidak, dan ini serem siy. Mutasi fungsi jika lajunya cepat, bisa susah ditangani. Tapi, para virolog di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman bisa menganalisisnya," ungkap dia.

Baca Juga: Kisah Dokter Positif Virus Corona yang Sembuh Tanpa Obat, Cuma Happy

https://www.youtube.com/embed/mP5MdTCKk2s

Topic:

  • Dhana Kencana

Berita Terkini Lainnya