Universitas Diponegoro (undip.ac.id)
Sejak masuk SMA itu, dia mulai belajar berorganisasi dengan masuk PII (Pelajar Islam Indonesia). Dia juga menjadi pengurus OSIS.
Lulus SMA Gunarto melanjutkan ke Fakultas Hukum Undip, angkatan tahun 1983. Meski sejak awal aktif di PII dan ingin meneruskan berorganisasi ke PMII (Persatuan Mahasiswa Islam Indonesia). Tetapi kemudian akhirnya, dia memilih masuk HMI (Himpunan Mahasiswa Islam). Di HMI Gunarto menjadi Sekretaris Umum Cabang Semarang, kemudian ke Badko Jateng.
Semasa kuliah ia aktif di kegiatan Badan Perwakilan Fakultas Hukum UNDIP sebagai institusi perwakilan mahasiswa yang berfungsi memperjuangkan kepentingan mahasiswa, juga aktif di organisasi Himpunan Mahasiwa Islam (HMI).
Gunarto juga aktif sebagai Ketua Presidium KAHMI (Korps Alumni Himpunan Mahasiswa Islam) Jawa Tengah mulai tahun 2006. Pada tahun 2004 pernah menjabat sebagai Ketua Pengawas Pemilu (PANWASLU) Kota Semarang.