Setelah Indonesia merdeka, Soeprapto terus mengabdikan diri di dunia militer. Ia pernah menjabat sebagai Kepala Staf Tentara dan Teritorial (T&T) IV/Diponegoro di Semarang, kemudian menjadi Staf Angkatan Darat di Jakarta dan bertugas di Kementerian Pertahanan.
Pada tahun 1948, ia menjabat sebagai Kepala Bagian II Markas Besar Komando Djawa (MBKD) dan terlibat langsung dalam penumpasan pemberontakan PKI Madiun.
Setahun kemudian, Soeprapto berpangkat Letnan Kolonel dan menjabat sebagai Kepala Bagian II Staf Umum Angkatan Darat di Jakarta. Pada 1950, ia diangkat menjadi Asisten I Kepala Staf Angkatan Darat (KSAD) merangkap Wakil KSAD, dan kemudian dipercaya sebagai Deputi Kepala Staf Angkatan Darat untuk Wilayah Sumatra yang bermarkas di Medan.
Dalam posisi itu, ia bertanggung jawab menjaga stabilitas keamanan agar pemberontakan seperti PRRI/Permesta tidak kembali terulang.
Pada 1 Januari 1956, Soeprapto ditunjuk sebagai Sekretaris Gabungan Kepala Staf dan kemudian mengikuti pendidikan di Sekolah Staf dan Komando Angkatan Darat (SSKAD) di Bandung. Kariernya terus menanjak hingga Juli 1963, ia dipromosikan menjadi Mayor Jenderal dan ditugaskan sebagai Deputi II Menteri/Panglima Angkatan Darat bidang Administrasi di Jakarta.
Jabatan itu menjadi posisinya hingga akhir hayat.