Ciri khas umat hindu pada masa itu ketika membangun sebuah tempat persinggahan selalu dekat dengan mata air. Seperti hal nya Prabu Brawijaya V dalam perjalanannya memilih lokasi di daerah rawa untuk membangun sebuah tempat persinggahan yaitu candi Dukuh ini.
Menurut Silvasastra yaitu kitab panduan dalam membangun candi, tentu saja ada banyak makna yang ditulis melalui relief yang terletak di badan candi. seperti hal nya di candi- candi lain, di candi Dukuh ini terdapat relief berukiran hewan yang bisa saja mempunyai makna angka.
Selain relief hal menarik lainnya di candi ini yaitu adanya yoni yang terletak di dalam candi. Menurut penjaga candi, dulu di candi Dukuh ditemukan lingga dan yoni.
Namun saat ini hanya ada yoni saja karena lingga candi Dukuh ada di museum Jakarta. Lingga dan yoni sendiri merupakan lambang kesuburan bagi umat Hindu.
Candi Dukuh yang dikelola oleh Balai Pelestarian Peninggalan Purbakala (BP3) Jawa Tengah, sebenarnya sangat eksotis.
Posisinya yang berada di ketinggian, membuat orang mampu melihat secara jelas pemandangan rawa- rawa di sekitarnya. Hanya saja banyak sekali orang yang tidak tahu keberadaannya