Pemerintah mengatur penggunaan dana desa untuk dukungan penanganan COVID-19 di tingkat desa dengan besaran minimal adalah 8 persen dari pagu dana desa. Pengalokasian tersebut bersifat wajib atau sebagai dana desa yang ditentukan penggunaannya (earmarked). Melalui beberapa peraturan disebutkan bahwa besaran paling sedikit 8 persen dari pagu dana desa tersebut, penggunaannya diluar dan tidak termasuk untuk kebutuhan Bantuan Langsung Tunai (BLT) Desa.
Seperti halnya penyaluran dana desa untuk BLT Desa, dana desa untuk penanganan virus corona disalurkan oleh Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) ke rekening kas desa. Setelah ada permintaan penyaluran dari pemerintah daerah (pemda), pada dasarnya penyaluran dana desa untuk penanganan COVID-19 termasuk biaya pemberlakuan pembatasan kegiatan masyarakat (PPKM) Mikro merupakan bagian dari penyaluran dana desa tahap I diluar kebutuhan untuk BLT desa. Atau dana tersebut disalurkan secara terpisah apabila desa belum salur dana desa tahap I.
Hal tersebut mempertimbangkan urgensi dari dana COVID-19 desa untuk segera digunakan, sementara bila harus menunggu penyaluran tahap I, terdapat desa-desa yang belum bisa memenuhi seluruh persyaratan, khususnya pemenuhan Peraturan Desa tentang APBDesa. Artinya, meskipun APBDes belum ditetapkan, dana COVID-19 desa sudah bisa disalurkan ke rekening kas desa. Hanya saja, dalam pelaksanaan di lapangan, terdapat pemda yang memberikan pengaturan bahwa selama APBDes belum ditetapkan, dana COVID-19 desa yang sudah masuk ke rekening desa belum bisa dibelanjakan. Kebijakan itu berlandaskan argumen bahwa dasar pelaksanaan belanja desa adalah APBDes.
